由于渦輪分子泵是高速旋轉的機械，因此軸承是渦輪分子泵的關鍵部件。渦輪分子泵的軸承有如下幾種：

1、油潤滑軸承

　　現在大部分渦輪分子泵轉子都用油潤滑軸承。因為這種軸承在轉子的排氣側，所以油蒸汽不會到達渦輪分子泵的入口。油通過軸上開的倒錐孔上油潤滑上、下軸承。在油循環的過程中，應能控制加速、減速、全速運轉，轉速降低運行或電源故障時的油量。

　　轉子和軸承的溫度可能超過65℃。通常，高于此溫度時油便開始分解，油溫度越高，則油中出現油泥或油呈膠狀的速率越快。因此，使用者應充分了解工作條件的限制，以免產生不希望的分解物。一直在高真空條件下工作的泵，通常不會有問題。在正常工作條件下，油潤滑的泵可運行數年而不用去管油或軸承問題。

　　在工作壓強的高壓端，通過軸承的油流可用來散失掉氣體摩擦熱。在低壓下主要是油的摩擦本身造成轉子溫度增高。

2、油脂潤滑軸承

　　最近開發出的有效粘度低，蒸汽壓極低的軸承用油脂，使渦輪分子泵避免了在抽氣時或放大氣時都要小心，尤其當轉子在高速工作時以免高速流動的油進到入口處。對油脂軸承，這樣顧慮是不必要的。因此，唯一的油污染是通過停泵時泵中油的氣相擴散。油脂潤滑的主要缺點可能是由于油脂中液體成分的蒸發而造成損耗。使用者要定期加注油脂。如在不停的工作下每年加注一次或在間歇工作下每10000小時加注一次。使用油脂潤滑是使渦輪分子泵簡單，可靠和確保安全工作的主要措施。

3、氣膜軸承

　　使用空氣膜軸承的渦輪分子泵已有商品出售，因為空氣軸承需要在連續不斷地供給無顆粒物的干燥的高壓空氣。這樣空氣源的故障將會引起金屬高速摩擦接觸，使軸承瞬間遭到破壞。

　　在泵突然振動或空氣突然沖入單端泵時，會猛推轉子，空氣膜的強度必須是以防止接觸。必須經常保持空氣源壓力大大增加，使空氣壓強是以克服這種偶然出現的推力。這種泵現在市場上很少有產品出售。

4、磁懸浮軸承

　　這種磁懸浮軸承在渦輪分子泵上得到廣泛地應用，壽命可以無限長，因為轉動體和支撐物之間沒有接觸，可在無潤滑情況下工作。如果在電磁激勵線圈上用了有機絕緣材料，則有可能存在碳氫化合物污染源問題。線圈過熱時更是如此。磁軸承的振動和噪音水平很低。磁控電路功率非常小。當出現故障時用電池來工作是可行的。磁軸承失效和空氣突然充入或震動，使高速轉子與機械軸承接觸。磁軸承系統必須有一個起約束作用的機械軸承系統。能承受如此加速的球軸承的壽命十分短且不確定，每次發生事故后，最好考慮更換軸承。